Osnovni programski ciljevi Paneuropske unije Bosne i Hercegovine:
- priključenje BiH Europskoj uniji
- proširenje Europske unije
- reorganizacija europskih tijela: zakonodavni dvodomni parlament, vijeće europskih (a ne samo unije nacionalnih) ministara, europska vlada
- promicanje vrijednosti europskog nasljeđa u pravom europskom duhu
- rad na kulturnoj i duhovnoj obnovi Bosne i Hercegovine
- suradnja u stvaranju svih nužnih uvjeta za stvaranje samoodržive i funkcionalne Bosne i Hercegovine
- suradnja u stvaranju svih nužnih uvjeta za pravedan i trajan mir u Bosni i Hercegovini i susjednim regijama
- promicanje kulture bosanskohercegovačkih naroda i građana u Europi i promicanje europskih kulturnih dometa u Bosni i Hercegovini
- poticanje kulturne, znanstvene, tehničke i gospodarske razmjene s Europom i svijetom
- poticanje znanstvenog i tehnološkoga razvoja u Bosni i Hercegovini u skladu s Europom i svijetom
- promicanje najviših europskih obrazovnih i znanstvenih standarda u Bosni i Hercegovini
- usklađivanje i usavršavanje obrazovnih, pravnih i sustava u Europi
- promicanje najviših europskih standarda socijalne politike, demokracije i pravne države
- promicanje vrijednosti europskoga zajedničkoga nasljeđa i posebnih nasljeđa europskih naroda i širih europskih područja
- promicanje najviših europskih standarda zaštite prirodne sredine i života u Bosni i Hercegovini
- djelatno promicanje zaštite prirodne sredine u svijetu
- razvoj socijalnih, demokratskih i pravnih ustanova u Europi
- utemeljenje odnosa dijelova Europe i svijeta na načelu supsidijarnosti
- djelotvorno harmoniziranje uloge Europe i drugih dijelova svjetske zajednice
- što skorije djelotvorno uključivanje Bosne i Hercegovine u promicanje svih spomenutih vrjednota i institucija i u samoj Europi
- uključivanje Bosne i Hercegovine u rad na kulturnoj i duhovnoj obnovi u Europi i svijetu
- ostvarivanje i onih zadaća koje proističu iz ovih ciljeva